蛋白相關的檢測中，首先最關鍵的一步便是蛋白質的提取。蛋白質的提取過程中，蛋白水解酶就會被釋放出來或被激活，影響最終的結果。
 

　　為了避免這些情況的出現，可以在樣品制備時盡可能低溫下進行。此外，許多蛋白酶在pH9以上就失活了，因此Tris-base，碳酸鈉或堿性載體兩性電解質往往能抑制蛋白水解。
 

　　但是有些蛋白酶在上述條件下仍然保持著活性，此時，我們可以通過加入各種蛋白酶抑制劑以防止蛋白質的降解。
 

　　根據催化中心結構的不同蛋白酶可分為以下4類：
 

　　1、絲氨酸蛋白酶
 

　　在其活性中心含有絲氨酸和組氨酸，如糜蛋白酶、彈性蛋白酶、血纖維蛋白溶酶、凝血酶、枯草桿菌蛋白酶、胰酶等。
 

　　2、半胱氨酸蛋白酶(又稱硫醇或SH蛋白酶)
 

　　在其催化中心含有半胱氨酸，如鈣蛋白酶、組織蛋白酶B/C/L、木瓜蛋白酶等。
 

　　3、天(門)冬氨酸蛋白酶(羧基蛋白酶)
 

　　在其活性中心含有天(門)冬氨酸，如組織蛋白酶D、木瓜蛋白酶、腎素等。
 

　　4、金屬蛋白酶
 

　　在其催化中心含有金屬離子，如氨基肽酶、羧基蛋白酶A/B、嗜熱菌蛋白酶等。
 

　　除了蛋白酶抑制劑以外，在許多研究過程中，尤其是一些制藥公司和研究院所在研究藥理學機理的時候，需要了解蛋白磷酸化途徑，因此一個重要的步驟就是準確的觀察一般和特異的磷酸化狀態，所以蛋白抽提的另一個重要保護過程就是對磷酸化狀態的有效保護。