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REPLI-g Single Cell Kit單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒操作指南

更新時(shí)間:2025-05-27瀏覽:6520次

試劑盒組份


組份

規(guī)格

REPLI-g sc DNA Polymerase (blue lid)

DNA聚合酶(藍(lán)蓋)

48 µl

REPLI-g sc Reaction Buffer (yellow lid)

反應(yīng)緩沖液(黃蓋)

700 µl

Buffer DLB (clear lid)

DLB緩沖液(透明蓋)

1 tube

Stop Solution (red lid)

終止液(紅蓋)

1.8 ml

PBS sc 1x (clear lid)

PBS 1x透明蓋

1.5 ml

DTT, 1 M (lilac lid)

DTT,1M(紫蓋)

1 ml

H2O sc

1.5 ml

Quick Start Protocol

1



操作方法選擇

根據(jù)起始樣本選擇操作方法

起始樣本

方法

單細(xì)胞,2-1000個(gè)細(xì)胞

方法一:從單細(xì)胞擴(kuò)增基因組DNA

純化基因組DNA(1-10ng)

方法二:純化基因組DNA擴(kuò)增

其他起始樣本:血漿血清、活檢、需要高通量擴(kuò)增的樣本等參見(jiàn)其他對(duì)應(yīng)說(shuō)明書(shū)。


操作流程



方法*程

細(xì)胞樣本——加入變性混合液——65°C孵育10min——加入終止液——加入Master混合液——30°C孵育8h,65°C 終止3min——獲得擴(kuò)增DNA


方法二流程

純化基因組DNA——加入變性混合液——15-25°C孵育3min——加入neutralization混合液——加入Master混合液——30°C孵育8h,65°C 終止3min——獲得擴(kuò)增DNA





需要自備的儀器和試劑

微離心管

水浴或其他加熱儀器

微型離心機(jī)

漩渦混合儀(Vortexer)

吸管和吸頭


方法一:從單細(xì)胞擴(kuò)增基因組DNA

實(shí)驗(yàn)開(kāi)始前注意事項(xiàng)

1.適用樣本:1-1000個(gè)完整細(xì)胞

這個(gè)方法適用于所有物種的單細(xì)胞樣本,如:脊椎動(dòng)物,細(xì)菌(革蘭氏陽(yáng)性菌和陰性菌),植物(細(xì)胞壁已脫),分選細(xì)胞,組織培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞。

不適用樣本:福爾馬林固定樣本或其他使用交聯(lián)劑固定的樣本,如:從福爾馬林固定石蠟包埋組織中激光顯微切割得到的單細(xì)胞樣本。

2.小心試劑不要被外源DNA污染。如:使用干凈獨(dú)立吸頭吸管,在無(wú)DNA地方進(jìn)行反應(yīng)操作。

3.純化基因組DNA擴(kuò)增參見(jiàn)方法二。

4.聚合酶要在冰上解凍(見(jiàn)步驟6)。其他成分可以室溫解凍(15–25°C)。

5.配制的D2緩沖液(變性緩沖液)存放不要超過(guò)3個(gè)月。

6.陰性對(duì)照(無(wú)模板)的DNA產(chǎn)量約 40 µg。因?yàn)?/span>REPLI-g 的單細(xì)胞擴(kuò)增反應(yīng)中,引物二聚體的隨機(jī)擴(kuò)增得到高分子量的DNA產(chǎn)物。這一DNA不會(huì)影響實(shí)際樣本質(zhì)量,也不會(huì)影響下游分析造成陽(yáng)性結(jié)果。


開(kāi)始前準(zhǔn)備

1.DLB緩沖液加500µl試劑盒的水混勻,稍微離心溶解。

注意:重組的DLB緩沖液–20°C能放6個(gè)月。

Buffer DLB is pH-labile.

2.所有緩沖液和試劑使用前都要用漩渦混合器充分混勻。

3.水浴,heating block或熱循環(huán)儀溫度設(shè)為30°C

如果熱循環(huán)儀帶加熱蓋,蓋子溫度設(shè)為70°C


步驟

1.按表1配制足量(整個(gè)擴(kuò)增流程所需)D2緩沖液(變性緩沖液)。

注意:表中提供的D2緩沖液用量足夠進(jìn)行12次反應(yīng)。沒(méi)用完的D2緩沖液–20°C 存放,但不要存放超過(guò)3個(gè)月。


表1.D2緩沖液配制

成分

體積

DTT, 1 M

3 µl

Buffer DLB (reconstituted)

DLB緩沖液(重組,見(jiàn)“開(kāi)始前準(zhǔn)備")

33 µl

總體積

36 µl


2. 4 µl樣本細(xì)胞(含PBS)加入微離心管。如果細(xì)胞不夠4 µl,加PBS sc補(bǔ)齊。

注意:REPLI-g單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒提供的PBS sc量不夠用于樣本細(xì)胞的連續(xù)稀釋。

可以使用0.5 µl 全血。(Alternatively, 0.5 µl whole blood can be used.

3.加入3 µl 配制的D2緩沖液。小心輕彈試管混勻,稍微離心。

注意:確保樣本細(xì)胞沒(méi)有貼在緩沖液線上的管壁。

4.65°C孵育10min。

  1. 加入3 µl 終止液。小心輕彈試管混勻,稍微離心。冰上保存。


6.冰上解凍REPLI-g sc DNA聚合酶。其他成分室溫解凍,漩渦振蕩后稍微離心。

解凍后REPLI-g sc反應(yīng)緩沖液可能會(huì)形成沉淀,漩渦振蕩10s可以溶解沉淀。

7.按表2配制master混合液。混勻,稍微離心。

要點(diǎn):嚴(yán)格按照表2所列順序配制。加入水和反應(yīng)緩沖液后,稍微漩渦振蕩和離心后再加入DNA聚合酶。

注意:一次性進(jìn)行多次反應(yīng)時(shí),根據(jù)反應(yīng)數(shù)量等比例增加用量。DNA聚合酶加好后maste混合液要立即投入使用。


表2:master混合液配制

成分

體積/反應(yīng)

H2O sc

9 µl

REPLI-g sc Reaction Buffer

反應(yīng)緩沖液

29 µl

REPLI-g sc DNA Polymerase

DNA聚合酶

2 µl

總體積

40 µl

多次反應(yīng),根據(jù)反應(yīng)數(shù)量等比例增加劑量并增加10%。


8.每次反應(yīng),10 µl 變性DNA(步驟5)加入40 µl master 混合液。

9.30°C孵育8h。

30°C孵育后,水浴或其他加熱儀可以改設(shè)為65°C方便步驟10使用。

注意:如果使用帶加熱蓋的熱循環(huán)儀,蓋子溫度設(shè)為70°C

10.DNA聚合酶65°C滅活3min。


11.如果不直接使用,擴(kuò)增DNA 短期儲(chǔ)存在4°C,長(zhǎng)期儲(chǔ)存在–20°C

使用REPLI-g 單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒擴(kuò)增的DNA可以當(dāng)作基因組DNA(zui低凍融循環(huán)),因此推薦zui低核酸儲(chǔ)存密度為100 ng/µl

12.依照說(shuō)明書(shū)用水或TE適量稀釋擴(kuò)增DNA。用于PCR分析的擴(kuò)增DNA按1:100稀釋,每次PCR反應(yīng)使用2 µl 稀釋后DNA。

13.擴(kuò)增DNA可用于一系列下游應(yīng)用,包括:第二代測(cè)序,array CGH和定量PCR。

注意:每50 µl典型反應(yīng)的DNA產(chǎn)量約40 µg,需要正確稀釋。擴(kuò)增DNA定量見(jiàn)附件A。


方法二:純化基因組DNA擴(kuò)增

略。詳情參見(jiàn)原版說(shuō)明書(shū)。中文版翻譯可咨詢紅榮微再。


150343 REPLI-g Single Cell Kit單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒說(shuō)明書(shū)節(jié)選紅榮微再翻譯整理。


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很多研究人員使用二代測(cè)序儀器對(duì)生物樣本的DNA序列進(jìn)行分析和基因分型,但經(jīng)常受限于有限的樣本量。150343 REPLI-g Single Cell Kit單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒可均一的擴(kuò)增單個(gè)細(xì)胞(1至1000個(gè)細(xì)菌或腫瘤細(xì)胞)或純化的基因組DNA,能夠覆蓋基因組所有位點(diǎn)。另有于干血或新鮮或冷凍的組織樣本的實(shí)驗(yàn)方案。所有緩沖液和試劑生產(chǎn)都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格控制的流程,避免污染DNA,確保每次實(shí)驗(yàn)獲得可靠的結(jié)果。該產(chǎn)品采用多重置換擴(kuò)增(MDA)技術(shù),對(duì)所有基因組位點(diǎn)進(jìn)行無(wú)偏差的擴(kuò)增。與基于PCR的全基因組擴(kuò)增技術(shù)相比,該技術(shù)具有更好的擴(kuò)增高保真度,避免出現(xiàn)假陽(yáng)性或假陰性信號(hào)。


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150343

REPLI-g Single Cell Kit單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒



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